Как очистить список окна выполнить

Win+R --> regedit --> Ok

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU
Команды которые были ранее вами введены, хранятся как значения параметров a,b,c и т.д. (то есть используются буквы английского алфавита). Удалите параметр с записью не нужной вам команды, и она пропадет из списка истории.